重庆理工大学学报(自然科学) ›› 2021, Vol. 35 ›› Issue (3): 242-251.doi: 10.3969/j.issn.1674-8425(z).2021.03.032

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基于加权共表达网络预测结直肠癌的核心基因

兰 燕,张 旭   

  1. 西南大学 数学与统计学院,重庆 400715
  • 收稿日期:2020-05-11 出版日期:2021-04-07 发布日期:2021-04-07
  • 作者简介:兰燕,女,硕士研究生,主要从事生物数学研究,E-mail:1634611877@qq.com。
  • 基金资助:
    国家自然科学基金项目(11701471);重庆市基础科学与前沿技术研究项目(cstc2017jcyjAX0476)

  • Received:2020-05-11 Online:2021-04-07 Published:2021-04-07

摘要: 研究根据 GEO数据库下载的包括 17对结直肠癌组织和正常组织的基因芯片数据 集 GSE32323,对方差前 25%的基因进行加权共表达网络分析得到 10个模块,然后利用 P< 005选出与结直肠癌显著最相关的 2个模块,用 DAVID数据库对其进行 GO和 KEGG富集分 析,表明这 2个模块主要富集在细胞调控、细胞外泌体、代谢通路和细胞分裂、蛋白结合、细胞周 期、P53信号通路等过程。再用 Cytoscape对核心模块可视化,根据 GEPIA数据库作生存分析, 由P<0.05得到 PPARG,ACO2,MYC,CCNB2和 NUP37共 5个核心基因作为结直肠癌可能的生 物标志物,为结直肠癌治疗药物靶点的选取奠定了理论基础。

关键词: 结直肠癌, 核心基因, 加权共表达网络, 功能富集分析, 生存分析

中图分类号: 

  • R965.1