摘要： ２０１２年，从重庆北碚区和巴南区的家禽养殖场死鸭和病鸡体内分离出两株Ｈ５Ｎ１禽流感病毒，分别命名为Ａ／ｄｕｃｋ／Ｃｈｏｎｇｑｉｎｇ／ＢＢ／Ｈ５Ｎ１和Ａ／ｃｈｉｃｋｅｎ／Ｃｈｏｎｇｑｉｎｇ／ＢＮ／Ｈ５Ｎ１，并对这两株Ｈ５Ｎ１禽流感病毒的ＨＡ、ＮＡ和Ｍ蛋白的基因进行了克隆及序列分析，在基因和蛋白质水平上分析其同源性。遗传进化树分析结果表明：这两毒株的ＨＡ、ＮＡ和Ｍ基因不处于同一支上，亲缘关系较远；这两毒株的ＨＡ、ＮＡ、Ｍ蛋白的基因同源性分别达９５％，９％，９７％；两毒株的ＨＡ蛋白裂解位点氨基酸序列均为ＲＥＲＲＲ－ＫＲ，符合高致病性禽流感的特征。本次分离的流感病毒的基因克隆鉴定和序列分析为禽流感的流行病学研究、疫苗研制以及防控提供重要理论依据。