摘要： 环境微生物在维持环境生态系统平衡、消除次生环境污染等领域起着重要作用，其 中群落结构及多样性研究和分析是揭示其代谢规律和生态响应的重要手段。近几年高通量测 序技术的出现和日趋成熟，为该领域研究的深入开展提供了契机。据此，概述了高通量测序技 术的发展史，并比较了不同测序平台的特点。结合最新进展和课题组实验研究，阐述了高通量 测序技术在典型环境介质中的应用，包括：大气（空气）中环境微生物的污染治理和对空气质量 的评估；天然水体中环境微生物的物质循环和次生水体的污染治理与环境修复；土壤环境微生 物多样性变化、功能菌株构建筛选等方面的研究进展。最后展望了高通量测序技术在环境微生 物领域的未来研究方向，指出了目前所存在的问题。